Aşağıdaki durumlarda klomifen tedavisi kontrendikedir : 1- Klomifen sitrata aşırı duyarlılığı olanlar, 2- Gebelik : Gebelikte veya gebelikten şüphelenilen durumlarda kullanılmamalı, gebelik oluşursa tedavi kesilmelidir. 3- Kontrol altında olmayan tiroid ve adrenal disfonksiyonları, 4- Hipofiz tümörü gibi, intrakranial lezyonlar, 5- Karaciğer hastalığı veya karaciğer bozukluğu hikayesi olanlar, 6- Sebebi tespit edilmemiş anormal uterus kanamaları, 7- Over kisti veya büyümesi (Polikistik over hariç)